回答:
どちらのポートもプログラミングに使用できますが、ネイティブUSBポートを使用すると、他のことができます。
また、接続されたコンピューターにUSBマウスまたはキーボードをエミュレートすることもできます。これらの機能を使用するには、マウスおよびキーボードライブラリのリファレンスページを参照してください。
ネイティブUSBポートは、マウス、キーボード、スマートフォンなどの接続された周辺機器のUSBホストとしても機能します。これらの機能を使用するには、USBHostのリファレンスページを参照してください。http://arduino.cc/en/Main/arduinoBoardDue
そのため、USBデバイスとのインターフェイスを使用するか、コンピュータに接続してUSBデバイスのように機能させることができます。