回答:
私はその答えを二番目にします。GoodReaderの代わりにPDF Expertでも同じことをしています。元のPDFのコピーに対してSkimで変換を行うことは本当に重要です。そうしないと、PDFの専門家（またはGoodReader、私が推測する）は、変換されると注釈を失います（たとえば、DropboxにPDFがある場合）その後、iPadまたはMacで開きます）。ただし、もう少しエレガントなソリューションがあります。簡単ですが、PDFのコピーを作成することは避けます。
Skimで注釈付きPDFを開き、Skimノートに変換し、ノートをテキストまたはRTFにエクスポートし、保存せずにSkimを閉じます。メモ付きの元のPDFは変換されずに残ります（したがって、GoodReaderの注釈が引き続き付けられます）が、メモとハイライトはエクスポートおよび保存されます。
私が言ったように、些細な...
「PDFs> Extract PDF Annotations」Automatorアクションをご覧ください。
回避策として、私はこれを見つけました：
PreviewまたはGoodReaderで注釈を付けます。iPadでは、「概要の表示」を選択すると、GoodReaderは注釈のテキストを抽出できます。この概要は、txtファイルとして保存できます。
[ 更新：GoodReaderは、何らかの理由で.txt形式の「概要の表示」を削除したようです。（少なくとも私にとって）回避策は、無料サービスSend to DropBoxを使用することです。「電子メールの概要」を選択するだけで、注釈が電子メールメッセージに表示されます。これをSend to DropBoxのメールアドレスに送信すると、注釈付きの.txtファイルが作成されます。多分、DropBoxを使用すると、.txtをアップロードするステップが省略されるため、これは簡単です。]
OS Xでは、Skimをダウンロードしました。PreviewまたはGoodReaderで注釈が付けられたpdfのコピーを開き、file> convert notesを選択して注釈を.skim形式に変換できます。これを行ったら、file> exportを選択できます。メモをtxtファイルとしてエクスポートするオプションがあります。
誰もがよりエレガントなソリューションを思い付くことができれば、私はそれを聞いて非常に興味があります。
Automatorを試してみましたが、メモを抽出できないようです。ハイライトがあることを確認してリストしますが、コンテンツは抽出しません。Skimを試してみましたが、すべてではなく一部のハイライトでしか機能しないため、残念ながら十分ではありません。私は最終的には非常にうまく機能し、素晴らしい機能も備えたアプリが好きで、アプリストアで利用可能なアプリを強調しています。残念ながら、EUでの価格は29.99€です。残念ながら、Appleはこの機能をPreviewに組み込みませんでした... Automatorを動作させる方法を誰かが知っている場合、またはハイライトを抽出する前にPreviewで何かを設定する必要がある場合、それは非常に貴重な情報になります。（OS X.11.6）
これが動作するアプリです。開いてから、ファイルメニューでPDFを開くか、PDFをドックアイコンにドラッグアンドドロップするだけです。
また、これが機能するかどうかはわかりませんが、Quartzの機能について知る前に、コマンドラインツールを作成しました。
エンコーディングがまだ機能しないため、一部の文字が適切に処理されないだけです（私の場合はこれで十分でした）。
実行するには、バイナリをフォルダーに入れ、そこにもPDFを入れ、ターミナルウィンドウでフォルダーに移動します。
cd folder_name
次に実行します：
extract_notes my_pdf.pdf > notes.txt
まあ、いつでもCmd Zを押すか、編集>元に戻すことができます。同じこと。