Quicktime Playerヘルプ:
QuickTime Playerを使用すると、ムービーまたはムービークリップの先頭または末尾の一部をすばやく削除して、短縮したり、不要なコンテンツを削除したりできます。
映画の03:08から03:49に終わる部分を、できれば次のようなapplescriptを使用して削除します。
tell application "QuickTime Player"
activate
trim document 1 from 0 to (4 * 60 + 41.75)
end tell
QT PROがそれを実行できると確信しています。