2FAコードを出力するAppleScriptを使用して、この問題のかなり簡単な解決策を思いつきました。
#! /usr/bin/env osascript
tell application "System Events"
    if name of every process contains "FollowUpUI" then
        tell window 1 of process "FollowUpUI"
            click button "Allow"
            delay 2
            set code to value of static text 1 of group 1
            log (code)
            click button "Done"
        end tell
    else
        log ("Couldn't find 2FA window")
    end if
end tell
return
これをファイルに追加し、それを使用して実行可能にすると、ファイルと同じディレクトリ内でchmod +x name_of_file.scpt実行することにより、sshで実行できるスクリプトが作成され./name_of_file.scptます。
注:このスクリプトをsshで初めて実行すると、次のポップアップが表示されます。

[OK]をクリックするだけで、スクリプトが正しく実行されます。この設定は自動的に保存され、[システム設定]-> [セキュリティとプライバシー]-> [プライバシー]-> [アクセシビリティ]で変更できます。
これはmacOS Mojaveで私には機能しましたが、他のバージョンでも機能する可能性があります。