最初にインドのストアからWhatsAppをダウンロードした場合、プロンプトが表示されたら(WhatsAppの更新を選択した後)インドのApple IDアカウントにログインするだけです。
ログインすると、App StoreはIDがインドのApp Storeでのみ機能することを通知し、その後そのストアに切り替えて更新を実行できます。その後、別のアカウントにログインして変更するまで、そのアカウントにログインしたままになります。
アプリのダウンロード元のストアは、WhatsAppアカウントに関連付けられている番号などにはまったく関係ありません。