回答:
注：これはハイシエラの発表前の'17年6月に当てはまりました
APFSをSierraのブートボリュームとして使用することはできません。これはまだサポートされていません。
APFSはまだ開発中で、最終的にリリースされたときにブートボリュームとして使用できるようになります。
Appleファイルシステムガイドから-FAQ ...
APOSフォーマットのハードディスクからmacOS Sierraを起動できますか？
いいえ。macOSSierraはデータボリュームに対してのみApple File Systemをサポートしています。APFSフォーマットのボリュームからmacOS Sierraを起動することはできません。
Apple File Systemにアップグレードするにはどうすればよいですか？
Appleは、2017年にApple File Systemが出荷されるときに、すべてのブートボリュームに対してHFS +からAPFSへの非破壊的なインプレースアップグレードを提供します。外部ボリュームをHFS +からAPFS形式に変換するツールが利用可能になります。
2017年9月にこの問題に遭遇した人にとっては、High Sierraベータ13の時点でさえ、HFS +ジャーナルブートドライブを「インプレース」でAPFSに変換することはまだ不可能のようです。試行した場合、オプションはまだディスクユーティリティでグレー表示されます。