Thunderboltを介して接続された別のMacをオーディオ入力ソースとして使用しますか？

基本的に、私がやろうとしているのはAUラボのあるコンピュータを使ってオーディオを処理し（もちろんリアルタイムで）、それを別のコンピュータのオーディオソースとして使うことです。

Thunderbolt付属のMacを、サードパーティ製アプリケーションの有無にかかわらず、オーディオ出力ソースまたはオーディオ入力ソースとして使用することは可能ですか？

どうでしょう。

Thunderboltは基本的にDisplayPortとPCIeのマルチプレクサです。したがって、OS Xが「ターゲットモード」でディスクドライブとして提示する方法でオーディオデバイスとして「提示」できない限り、別のMacをオーディオデバイスとして機能させる方法は実際にはありません。