回答:
システム環境設定>一般
アプリを終了して再び開くときは、復元ウィンドウのチェックを外します。
optionアプリケーションを終了するときにキーを押したままにして、この動作を切り替えることもできます。
追加-2012年10月19日
Mountain Lionでは、このオプションが変更され、開いているドキュメントが復元されないことを説明するために、「アプリケーションを終了するときにウィンドウを閉じる」を細字で読みます。
アプリごとに再開機能を無効にすることもできます。http://www.maclife.com/article/howtos/how_tame_six_os_x_lion%E2%80%99s_early_problemsの「Windowsの復元からプレビュー(または他のアプリ)を停止する」というタイトルのセクションを参照してください。
記事の著者によると、プレビューの場合にのみ再開機能を無効にするコマンドライン(Terminal.appで実行される)は
defaults write com.apple.Preview NSQuitAlwaysKeepsWindows -int 0