起動が非常に遅い（10.6 / 10.9）

私の開発用ワークステーション（MBP 2012、2.5Ghz i5、16Gb、500Gb HDD）は、再起動するのが怖いほどに非常に遅い起動です。時々クラッシュしたり、起動を拒否したり（2〜3週間に1回）し、再起動が必要です。OSまたは他のアプリストアの更新が関係する場合、再起動も必要です。

起動時間は、おおよそ次の3つのフェーズで構成されています。

1. 最初の起動/ログインの10〜15分後、灰色の背景にスピナー/スロバー
2. デスクトップの背景が表示され、アイコン、アプリウィンドウが表示されるまで1〜2分。ウィンドウは通常空白で、使用できませんが、ドラッグして移動できます。
3. アプリが実際に応答し、OSが使用可能になるまで10分。

10.6の古いインストールで問題が発生しましたが、現在10.9で問題が発生しており、おそらく1年ほど実行しています。

システムが起動すると、一般的には非常に使いやすくなりますが、同時に多くのVMとアプリを実行すると速度が低下しますが、これはソリッドステートがないことを考えれば予想されないことではありません。

いつでもSSDにアップグレードすることを完全に期待していますが、この問題を診断し、何が起こっているのかを理解したいと思っています。ブートプロセスの複数の段階に影響するという事実は、たぶん特定の1つのアイテムだけではなく、実際には大規模な断片化の問題のように感じます。私はそれを理解しているように、OSXは断片化の影響を受けないはずですか？または、大規模なページファイルである可能性がありますか？ただし、16Gbを実行していることを考えると、私はあまりスラッシングをしていないと思います。

更新：

ディスクの整合性に関する@CMLのコメントのおかげで、Verify Diskを実行し、次の結果を得ました。

Checking extended attributes file.
Volume bitmap needs minor repair for orphaned blocks
Checking volume information.
Invalid volume free block count
(It should be 12269746 instead of 11497979)
(It should be 12269746 instead of 11497979)
(It should be 12269746 instead of 11497979)
The volume Macintosh HD was found corrupt and needs to be repaired.
Error: This disk needs to be repaired using the Recovery HD. Restart your computer, holding down the Command key and the R key until you see the Apple logo. When the OS X Utilities window appears, choose Disk Utility.

更新2：

修復ディスクを実行しました。これにより、起動フェーズ時間が次のように変更されます。

1. 2-3分（10-15分から減少）
2. 1〜2分（変更なし）
3. 10分（変更なし）

そのため、著しい改善が見られますが、それでもどこかでかなり厄介なもののように見えます。