この質問は承知していますが、今ではかなり古いものです。OSX(Yosemite、10.10.3)上のiBooksでコレクションを作成し、書籍(epub-iBooks経由で購入していない)を追加すると、wifi経由でiPad(第3世代、iOS 8.2)に同期しません。コレクション自体の名前はiPadに同期されますが、空です。両方のデバイスは同じ無線LAN上にあり、インターネットに接続されています。
同期は以前はiTunes経由で行われ、これが以前にiPadに書籍を同期させる唯一の方法だったと思いますが、これはiBookのみを使用して動作するはずです。OSXのiBooksメニューから「iTunesから本を移動」操作をすでに実行しています。
iPadのiBooks設定で「コレクションの同期」がオンになっています。USB同期ではなく、ワイヤレスソリューションを探しています。