MBRベースのパーティションスキームでFAT-32がフォーマットされている場合、ほとんどすべての OSが問題なく、またはサードパーティのドライバーで読み取ることができるはずです。
唯一の欠点は、FAT-32が最大4.2GBを超えるファイルをサポートしないことです。それが問題であれば、NTFSをお勧めします。これには、ファイルを書き込むための追加ドライバー(NTFS3G)が必要ですが(NTFSはOS Xでのみ読み取り専用で動作します)、ほぼすべてのプラットフォーム(Windows、Linux、Android、Mac OS X、FreeBSD、NetBSD、 OpenSolaris、QNX、Haikuなど)。
GUIDパーティションスキームはMBRベースのパーティションマップよりもはるかに新しいため、広くサポートされていません。すべてがMBRをサポートする必要があります。Win Vista / 7、OS X、および最近のLinux Distroだけで問題なければ、GUIDパーティションスキームも機能するはずです。
質問で言及したファイルのリストに関する問題は非常に奇妙であることに注意してください。ドライブ上のボリュームが破損しているように聞こえます(たとえば、不良ドライブ、または書き込み中に誰かがパワーを弱め、何かが破損した)。私は多くの外部ドライブ(15+)を使用しましたが、基盤となるUSBシステムでケーブルの切断/再接続だけで修正されなかった問題はありませんでした。
USBマスストレージデバイスクラスのプロトコルは非常によく理解文書化試験、及びこの時点で(特に企業からのSeagate同じ大きされるように)装置が不適切にそれを実装有する無視できるほどそうです。