回答:
Filevaultのターゲットディレクトリを指定することはできません（少なくとも、私にはわかりません）。スパースバンドル（またはTigerの場合はスパースディスクイメージ）を作成（Leopard以降の場合）することで、ホームフォルダーを自動的に操作します。変更の理由は、Time Machineと関係があります（そして、ある程度、FileVaultされたホームをバックアップできるようにします）。
ただし、ディスクユーティリティを使用して問題のフォルダーの暗号化されたスパースバンドルイメージを作成することにより、特定のフォルダーのFileVaultの機能をほぼ「複製」できます。このイメージを使用するたびにマウントする必要がありますが、「効果」は似ています。
元の場所にデータを必要とするアプリケーションがある場合（かなり一般的です）、ファイルへのシンボリックリンクを作成し、ログイン項目に画像を追加できます。画像のパスワードを自動的に展開するには、「キーチェーン」に画像のパスワードを追加する必要がある場合があります。
FileVaultのホームディレクトリはログイン中（またはログアウト中）にしか発生しないため、Time Machineの制限についても読むことが重要です。Time Machineを通常のように動作させるには、ターゲットとしてOS X Serverエディションが必要です。
ウィキペディアのエントリによると（この情報がすべて含まれているため、最初に引用しておく必要があり、より適切に記述され、より完全です）：
FileVaultは、10.7より前のバージョンのMac OS Xでのみホームディレクトリを暗号化し、それらのディレクトリ全体のみを暗号化することに制限されています。FileVaultはMac OS Xバージョン10.7以降でディスク全体を暗号化できます
（私が追加した強調）
将来のバージョンについては推測しないので、これが真実かどうかは不明ですが、覚えておいてください。
別の方法として、物事の安全な「保管庫」を維持するのにも役立つ「複数の」プログラムがあります。数年前にバンドルから入手したため、エクセスについて言及しています。私はそれを3回使用し、それは動作します。無料の代替手段が存在する可能性があります（プレーンな「ディスクユーティリティ」を使用するだけでなく）。
更新：カイルが提供するリンクを追加しました。これは、それを行う方法を説明していますが、「長い」ため、私の回答を保持していました:)
部分的な暗号化が必要な場合、特に暗号化されたコンテナをポータブルにする必要がある場合は、主要なオペレーティングシステムで利用できる無料のオープンソースソフトウェアであるTrueCryptに頭を向けます。
さらに、これはかなり高速で、多くの暗号化オプションがあります。
コンテナーは、ファイルシステムを保持する暗号化されたファイルです。ファイルであるため、簡単に移動、コピー、要約、再要約、インデックス付け、または番号付けすることができます（または、ファイルで何をするにしても）。これらは、ファイルや暗号化を異なるオペレーティングシステムで使用する必要がある場合に、リムーバブルディスクなどで使用すると便利です。
ただし、ファイルをMacでのみ使用する必要がある場合は、KyleとMartínの回答で説明されているように、可能な限り最もネイティブな方法を使用します。
特定のフォルダの暗号化については、Espionageをご覧ください。
Filevaultの動作方法により、ファイルを選択的に保護することはできません。ただし、暗号化されたディスクイメージを作成して、保護したいファイルを安全に保存するために使用できるホームフォルダーに保存できます。